因双方兴奋，阴茎插入会使女性生殖器充血，导致月经量增多，经期延长。
此时同房，男性生殖器可能会把细菌带入阴道内，经血是细菌等微生物的良好培养基，细菌极易滋生，沿子宫内膜内许多微小伤口和破裂的小血管扩散，感染子宫内膜，甚至可累及输卵管和盆腔器官，从而给女方带来不必要的麻烦。
月经分泌物进入男子尿道，也可能会引起尿道炎的产生。
经期同房，因精子在子宫内膜破损处和溢出的血细胞相遇，甚至进入血液，可诱发抗精子抗体的产生，从而导致免疫性不孕、不育症。
月经期间同房，由于性冲动时子宫收缩，还可将子宫内膜碎片挤入盆腔，引起子宫内膜异位症，导致不孕症的发生。
经期性交首先导致性器官的感染与各种炎症。正常情况下，妇女的阴道内有多种微生寄生，但是女性性器官本身，亦有抵制和预防生殖道感染的生理功能、当月经期，阻止细菌上行感染的抵抗力减弱，若在经期性交，则促使双方生殖器所携带的细菌上行，而导致上行感染，造成各种生殖器官的炎症。加之经期盆腔充血，阴道与宫腔又有积血，都是细菌繁殖的良好的培养基，使感染更易于蔓延和加重。因此经期性交是促进生殖道感染与炎症蔓延的诱因。