性器官先天性畸形：例如严重睾丸发育不良引起外生殖器异常;重度尿道下裂，患者尿道口并非开在阴茎头部，而是开在阴茎体或会阴部等。这类病人阴茎勃起往往有障碍，尿道下裂还会影响射精。
性器官急性炎症：无论睾丸炎、附睾炎、精索炎、前列腺炎、精囊炎等，在急性发作状态，都不宜有性生活，因为性交时性器官高度充血水肿，性生活只会加重病情与增加不适。
性器官的特殊感染：例如结核、性病、滴虫病等，都应治愈后才可行房，否则一来加重病情，二来也会使配偶传染上。
某些性器官肿瘤：如阴茎癌、睾丸肿瘤、前列腺癌等，必须停止性生活，否则性交可加速性器官的血液循环，增加肿瘤细胞经血液与淋巴播散的机会，而且对妻子健康也不利。
性器官的皮肤病：常见的是阴茎部的疣，阴囊部的湿疹等，尽管未必传染给妻子，但会因房事不洁而增加继发细菌感染的机会，所以至少要在病情基本控制后才可行房。
最后值得一提的是，最为常见的泌尿系统感染，尤其在罹患尿道炎、膀胱炎等疾病时，需要治愈后再行房